Proyecto se desarrollará a 10 kilómetros al norte de Dominga.
Casos han aumentado un 96% desde 2010, según datos del Minsal.
Diputados aprobaron comisión investigadora por 138 votos a favor.
En abril de 2017 el gobierno de Bachelet había ofrecido el edificio a organizaciones sociales.
Mandatario buscaba precisar detalles sobre el proyecto presentado el pasado lunes.
Desde el ministerio señalaron que tras la confirmación se "reforzó de inmediato el protocolo de vigilancia y control intensivo para prevenir riesgos asociados a este vector transmisor de enfermedades".