Representantes de las instituciones acusaron al gobierno de querer "expropiar" sus bienes.
Paredes afirmó que se ha "cortado" al sector de estudiantes más vulnerables.
Las instituciones deberán declarar su voluntad de transformarse en entidades sin fines de lucro.
La iniciativa del Ejecutivo busca potenciar la educación en regiones.
Desde el ministerio señalaron que tras la confirmación se "reforzó de inmediato el protocolo de vigilancia y control intensivo para prevenir riesgos asociados a este vector transmisor de enfermedades".